这种cccDNA是乙肝病毒复制中重要的中间产物，一旦它在肝细胞核内形成，就具有了高度的稳定性，可长期存在于肝细胞内，不但起着刚才所说的" 模板" 作用，而且还像深深扎根在泥土里的野草一样很难完全清除。不论用什么抗病毒药物，不论细胞内的DNA 受到多大的抑制，也不论用药的时间有多久，都很难清除这种cccDNA. 只要肝细胞内有很少量的cccDNA，当停药后，核内的cccDNA又可以再次成为病毒复制的“模型”，继续复制乙肝病毒的DNA，这也是乙肝很难根治的原因。
现实生活中，大部分人熟悉的“乙肝两对半”检测的其实并非乙肝病毒的传染物质和致病物（换句话说，不是活的乙肝病毒），所以检查“乙肝两对半”只能反映一个人是否感染过乙肝，却不能直接深入地揭示乙肝病毒在人体内的复制和致病情况，也就不能更好地指导临床用药和制订治疗方案。为了寻找到一个正确合理的病毒量化指标，专家们经过多年研究，找到了一个有效的办法──乙肝病毒DNA定量试验。这种试验可以反映患者血中活的病毒量，有助于了解乙肝病毒在患者体内的消长。乙肝病毒DNA是含有遗传信息的物质，它是复制子代乙肝病毒的基础。因此，了解了乙肝病毒DNA在患者体内的消长情况，就间接地弄清了乙肝病毒的复制情况。
通过检测乙肝病毒的抗体可以简单的判断感是否染了乙肝病毒，所以检测澳抗是一项重要的临床诊断指标。但仅仅检测一种抗体还无发完全判断出乙肝病毒目前的状态，最好的办法就是将和乙肝相关的抗原和抗体全部检测出来，这就是：乙肝表面抗原(HBsAg)、e抗原(HBeAg)和核心抗原(HBcAg)，以及三种抗原诱生的相应的抗体，分别是表面抗体(抗—HBs)、e抗体(抗—HBe)和核心抗体(抗—HBc)。由于技术的原因，一般实验室无法检验核心抗原，所以三对抗原抗体少了一项，因此医院验乙肝病毒标志是查“乙肝五项”，俗称两对半。
通常所说的“大三阳”是指乙肝表面抗原、e抗原、核心抗体三项阳性；而“小三阳”指的是是表面抗原、e抗体、核心抗体阳性。各抗原抗体在临床上还有其不同的指示意义：表面抗原（HBsAg）表示体内是否存在乙肝病毒；表面抗体（抗-HBs）表示体内是否有保护性，可以抵抗病毒入侵；е抗原（HBeAg）表示病毒是否复制及具有传染性；е抗体（抗-HBe）则表示病毒复制是否受到抑制；而核心抗体（抗-HBc）主要表示是否感染过乙肝病毒。
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其实乙肝病毒本身并不致病，它对肝细胞损伤主要是由机体的免疫系统清除反应引起的。乙肝病毒感染机体后，侵入到肝细胞内，致使肝细胞的某些结构发生变化。激发机体对自身的肝细胞产生免疫反应，便会引起会细胞损伤。在严重的肝损害病例中，机体免疫系统甚至将没有被HBV侵犯的肝细胞也一同杀死，这也说明自身免疫反应在乙肝炎的发病机制中有重要意义。免疫功能正常者，机体对感染HBV的肝细胞发生一系列的免疫反应，随着病毒被逐步消除，逐渐痊愈。这正是我国有45%以上的人曾经感染过乙肝病毒，但最终大部分人体内已经没有乙肝病毒残留的原因。
尽管在过去的数百万年里，人类在进化过程中逐渐从病毒那里获取了上百种的基因，但是当一个新的病毒入侵机体的时候，正常工作的强大的免疫系统还是不能容忍病毒DNA对细胞资源的侵占，会毫不犹豫的努力清洗“入侵者”。
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