引起新生儿结膜炎最常见的致病微生物为衣原体和球菌。

衣原体结膜炎：衣原体是寄生在细胞内的一种微生物，婴幼儿期可引起结膜炎和肺炎。感染多由患儿父亲尿道炎，引起患儿母亲宫颈炎，患儿父母多无症状，孕母常有羊膜早破史。感染可发生于宫内（即分娩前）及分娩过程中（产时），阴道分泌物污染。潜伏期间5~13天，比细菌性结膜炎发病晚。脓性分泌物住数周、数月自行消散，结膜不留疤痕，也不累及角膜。预防本病在婴儿出生后即点1%红霉素眼药水，每天3次，共2~3天。婴幼儿患病后治疗时间较长，用1%红霉素滴眼至症状完全消失，同时口服红霉素，也可用0.25%氯霉素滴眼。

    细菌性结膜炎，以淋球菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、链球菌、大肠杆菌多见。淋球菌感染来源可在胎儿往阴道时传播，但大部分是由于与婴儿接触者（父母和医务人员）污染的手造成。细菌感染的潜伏期短12~48小时，发病早，出生后2~3天较重，眼睑浮肿，结膜充血，分泌物呈脓性，炎症可累及角膜，甚至形成溃疡而穿孔。预防孩子淋球菌结膜炎，出生后即用1%硝酸银滴眼，然后用生理盐水冲洗，减少药物刺激。对出生后感染的结膜炎的预防主要在接触小婴儿的人须先洗手，而且不用被污染的手及粗糙的布擦洗婴儿眼睛。眼屎多时，用生理盐水及清水或3%硼酸水冲洗眼部，自内向外，每天3~4次。根据细菌种类选用含有抗生素的眼药水，如1%红霉素，0.25%氯霉素，0.5%金霉素，0.3%庆大霉素。还有人主张局部用药同时加肌肉注射抗生素。