肾结石可能长期存在而无明显症状，特别是较大的鹿角形结石。较小的结石活动范围大，小结石进入肾盂输尿管连接部或输尿管时则引起输尿管剧烈地蠕动以促使结石排出，于是出现绞痛和血尿。肾结石引起的疼痛可分为钝痛和绞痛两类。疼痛部位及放射范围根据结石梗阻部位而有所不同。肾盂输尿管连接处或上段输尿管梗阻时，疼痛位于腰部或腹部，并沿输尿管放射侧睾丸或阴唇和大腿内侧。当尿管中段梗阻时，疼痛放射至中下腹部，右侧极易与急性阑尾炎混淆。结石位于输尿管膀胱壁段或输尿管口处，常伴有膀胱刺激症状及尿道和阴茎头部放射痛。

根据结石 对粘膜损伤程度的不同，可表现为肉眼血尿或显微镜下血尿是肾结石的唯一临床表现。
结石伴感染时可伴有尿频、尿急、尿痛等症状。继发急性肾盂肾炎或肾积脓时，可有发热、畏寒、寒颤等全身症状。

双侧上尿路结石引起双侧完全性梗阻或独肾上尿路结石完全性梗阻时，可导致无尿。
有时感染症状为尿路结石的唯一表现。特别是儿童上尿路结石，大多数表现为尿路感染，值得注意。